Κατά τη διάρκεια του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου, στις 3 Ιουνίου 1941, οι Ναζί την έκαψαν και την ισοπέδωσαν, εκδικούμενοι για την αντίσταση που συνάντησαν από τους κατοίκους της έξω από το Δημοτικό Σχολείο.
Τρεις επιγραφές άφησαν οι Ναζί στην Κάντανο, μοναδικά ιστορικά μνημεία σε όλη την Ευρώπη, καθώς οπουδήποτε κι αν κατέστρεψαν, δεν άφησαν γραπτά την απόδειξη του εγκλήματος τους, αλλά και δεν τόνισαν τόσο πολύ την αντίσταση που συνάντησαν.
Στις δύο πινακίδες-επιγραφές, που είχαν τοποθετηθεί στις εισόδους της Καντάνου από Παλαιόχωρα κι από Χανιά αντίστοιχα, ήταν γραμμένα με ελληνικά και γερμανικά τα παρακάτω:
“Δια την κτηνώδη δολοφονίαν Γερμανών αλεξιπτωτιστών, αλπινιστών και του Μηχανικού, από άνδρας γυναίκας και παιδιά και παπάδες μαζί και διότι ετόλμησαν να αντισταθούν κατά του Μεγάλου Ράιχ, κατεστράφη την 3-6-1941 η Κάνδανος εκ θεμελίων, δια να μη επανοικοδομηθεί πλέον ποτέ”.
Και κάπως ανορθόγραφα στη δεύτερη:” ΩΣ ΑΝΤΙΠΟΙΝΟΝ ΤΩΝ ΑΠΩ ΟΠΛΙΣΜΕΝΩΝ ΠΟΛΙΤΩΝ ΑΝΔΡΩΝ ΚΑΙ ΓΥΝΑΙΚΩΝ ΕΚ ΤΩΝ ΟΠΙΣΘΕΝ ΔΟΛΟΦΟΝΗΘΕΝΤΩΝ ΓΕΡΜΑΝΩΝ ΣΤΡΑΤΙΩΤΩΝ ΚΑΤΕΣΤΡΑΦΗ Η ΚΑΝΔΑΝΟΣ”.
Τέλος, το περιεχόμενο στην τρίτη μαρμάρινη πλάκα που έφεραν οι κατακτητές το 1943 είναι: “Εδώ υπήρχε η Κάντανος – Κατεστράφη προς εξιλασμόν της δολοφονίας 25 Γερμανών Στρατιωτικών”.