Το βούλευμα αντικατάσταση της κράτησης του, εκδόθηκε πριν από λίγες ημέρες ενόψει της συμπλήρωσης 18μηνου, στη διάρκεια του οποίου δεν υπήρξε απόφαση από την Δικαιοσύνη, για τις κατηγορίες που τον βάραιναν στην υπόθεση της αναβάθμισης έξι φρεγατών του Πολεμικού Ναυτικού. Στις 21 Μαρτίου, το Συμβούλιο Πλημμελειοδικών, αποφάσισε την αποφυλάκιση του με περιοριστικούς όρους και χρηματική εγγύηση. Συγκεκριμένα, ορίστηκε χρηματική εγγύηση 150.000 ευρώ, καθώς και απαγόρευση εξόδου από τη χώρα και της υποχρέωση εμφάνισης δύο φορές τον μήνα στο ΑΤ της περιοχής που κατοικεί.
Σε δήλωσή του ωστόσο ο συνήγορός του, Μιχάλης Δημητρακόπουλος, ανέφερε πως ο κ. Παπαντωνίου δεν έχει δυνατότητα να καταβάλει το εν λόγω χρηματικό ποσό και έτσι υποχρεωτικά παραμένει στη φυλακή.Όπως αναφέρει “στην περίοδο του δράματος του κορονοϊού, όπου στις φυλακές οι συνθήκες κράτησης είναι εξαιρετικά δυσχερείς, η Πολιτεία μελετά τη λήψη εκτάκτων μέτρων για την πληθυσμιακή αποσυμφόρηση των φυλακών, μετά από 17 μήνες κράτησης του κυρίου Παπαντωνίου ηλικίας 71 ετών, με δεσμευμένη την κινητή και ακίνητη περιουσία του, η επιβολή αυτής της εξωφρενικής εγγύησης συνιστά κακοποίηση του ορθού δικανικού λόγου και συγχρόνως απόλυτη περιφρόνηση των ανθρωπιστικών αξιών“.
Ο πρώην υπουργός Άμυνας, βρίσκεται στη φυλακή από τις 23 Οκτωβρίου 2018, οπότε και είχε κριθεί προφυλακιστέος μετά την απολογία του στους ανακριτές Διαφθοράς για το αδίκημα της νομιμοποίησης εσόδων από παράνομη δραστηριότητα που του καταλογίζουν οι δικαστικές αρχές για ποσό 2,8 εκατομμυρίων ελβετικών φράγκων που κατά τη δικογραφία αποτελεί “δώρο” που έλαβε από την εταιρεία που ανέλαβε το έργο της αναβάθμισης έξι φρεγατών του Πολεμικού Ναυτικού το 2003. Στην ίδια υπόθεση είναι κατηγορούμενη και η σύζυγος του κ. Παπαντωνίου η οποία είχε κριθεί προφυλακιστέα την ίδια ημέρα με τον σύζυγο της μετά την απολογία της και αποφυλακίστηκε τον Μάρτιο του 2019.
Για την υπόθεση έχει υποβάλει πρόταση παραπομπής των κατηγορουμένων σε δίκη ο Εισαγγελέας Εφετών Κ. Σπυρόπουλος και εκκρεμεί η απόφαση του δικαστικού Συμβουλίου. Ο κ. Σπυρόπουλος αποδέχεται τη δικογραφία, σύμφωνα με την οποία ο πρώην υπουργός Άμυνας έλαβε χρήματα για την επιλογή του αναδόχου και του υποκατασκευαστή του έργου της αναβάθμισης των έξι φρεγατών τύπου «S» με τη σύμβαση 010Β/03 που υπογράφηκε στις 6.2.2003. Αντισυμβαλλόμενα μέρη στην επίμαχη σύμβαση ήταν η εταιρεία Ελληνικά Ναυπηγεία Α.Ε, ως κύριος ανάδοχος με υποκατασκευαστή την εταιρεία THALES NEDERLAND B.V. και το υπουργείο Εθνική ‘Άμυνας. Η ζημιά για το Ελληνικό Δημόσιο που απορρέει από τις δραστηριότητες για τις οποίες κατηγορείται εκτιμάται, κατά τους ανακριτές διαφθοράς, στα 400 εκ. ευρώ.