Το Πεντάγωνο μπορεί να καταλήξει με περίπου 200 από τα πρώτα F-35 που κατασκευάστηκαν εκτός μάχης, λόγω προβλημάτων στην ανάπτυξη και ενσωμάτωση τεχνολογιών που είτε ήρθαν πολύ αργά, είτε βρίσκονται ακόμη υπό ανάπτυξη.
Σύμφωνα με πρόσφατη δήλωση του αντιναύαρχου Mathias W. Winter, το Υπουργείο Άμυνας εξετάζει το ενδεχόμενο να αφήσει 108 F-35 στην «τρέχουσα κατάσταση» τους, επειδή το Πεντάγωνο δεν μπορεί να δαπανήσει τα χρήματα για την αναβάθμισή τους. Στην ίδια μοίρα ίσως βρεθούν και άλλα 81 αεροσκάφη που παρέλαβαν το Nαυτικό και οι Πεζοναύτες.
Οι αμερικανικές ένοπλες δυνάμεις δαπανούν σήμερα τα χρήματά τους σε ολοκαίνουργια μαχητικά και αυτό σημαίνει πως ο «εκσυγχρονισμός» των πρώτων αεροσκαφών F-35 που βγήκαν από τη γραμμή παραγωγής, ίσως είναι ασύμφορος. Είναι γνωστό πως η τελευταία έκδοση του λογισμικού του αεροσκάφους (Block 3F), βρίσκεται ακόμη υπό δοκιμή.
Το πρωτότυπο του F-35 πέταξε το 2000. Έκτοτε, χρειάστηκαν αλλά 17 χρόνια και δαπάνες πολλών δισεκατομμυρίων δολαρίων μέχρι τα πρώτα να εισέλθουν σε υπηρεσία. Η πολυπλοκότητα και οι «εξωτικές» τεχνολογίες που χρησιμοποιήθηκαν, εξηγεί σε μεγάλο βαθμό αυτή τη καθυστέρηση.
Τα πώτα μοντέλα F-35 «φοράνε» το ελειπές λογισμικό Block 2B, που είναι δύο επίπεδα χαμηλότερο από το τελικό Block 3F. Συγκεκριμένα, υπάρχουν 213 διαφορές λογισμικού και υλικού μεταξύ των δύο τύπων. Το Block 2B παρέχει ορισμένες αλλά όχι όλες τις ικανότητες μάχης του F-35. Η Πολεμική Αεροπορία εισήγαγε σε υπηρεσία 108 Block 2B F-35, ενώ το Nαυτικό και οι Πεζοναύτες παρέλαβαν άλλα 81 αεροσκάφη.
Το κόστος για αυτές τις αναβαθμίσεις φαίνεται να οδηγεί το Κογκρέσο στην απόφαση να μην αναβαθμίσει τα υπάρχοντα σχεδόν 200 αεροσκάφη (που κόστισαν σχεδόν $40 δισ.), αλλά να αναβαθμίσει τους πόρους προς την αγορά των νέων F-35, με το σκεπτικό πως όσο μεγαλύτερη (αριθμητικά) θα είναι η αγορά, τόσο μικρότερο το κόστος ανά μονάδα.
Το πιθανότερο είναι εν τέλει να βρεθούν τα χρήματα για την αναβάθμιση των πρώτων F-35, ωστόσο οι αμερικανικές ένοπλες δυνάμεις, θα πάρουν ένα καλό μάθημα και στο μέλλον δεν θα βιάζονται να βάλουν άρον άρον σε υπηρεσία οπλικά συστήματα που δεν έχουν τελειοποιηθεί.
Δεν υπάρχει αμφιβολία πως το F-35 αποτελεί την αιχμή της αεροπορικής τεχνολογίας (μετά το F-22). Ακόμη και σήμερα όμως, κάποια από τα προβλήματά του δεν έχουν λυθεί.