Σοκ έχουν προκαλέσει οι καταγγελίες περί ασέλγειας και κακοποιητικών συμπεριφορών κατά ανηλίκων, που διέμεναν σε δομές της «Κιβωτού του Κόσμου», με την Εκκλησία της Ελλάδας να παίρνει σαφείς αποστάσεις από τον μη κυβερνητικό οργανισμό.
Ο εκπρόσωπος Τύπου της Ιεράς Συνόδου, Μητροπολίτης Φθιώτιδος Συμεών, σε δήλωσή του στον Alpha υποστήριξε πως η «Κιβωτός του Κόσμου» δεν υπάγεται στην Αρχιεπισκοπή Αθηνών και δεν είναι υπό την εποπτεία της. «Πρόκειται για ένα αυτόνομο ιδιωτικό έργο του πατέρα Αντώνιου. Είναι ένας μη κερδοσκοπικός οργανισμός» ανέφερε.
Επίσης αποκάλυψε πως κατά το παρελθόν ο Αρχιεπίσκοπος Αθηνών επιχείρησε να βοηθήσει τον πατέρα Αντώνιο με κάποιου είδους εποπτεία, όμως ο τελευταίος αρνήθηκε.